INGENIEUR BIO INFORMATICIEN H/F

RESPONSABILITÉS :

Les missions de l'ingénieur bio-informaticien s'articulent autour des axes suivants :

1. Développement et intégration d'outils bio-informatiques

L'ingénieur participe au développement, à l'intégration, à la qualification et à la maintenance des outils bio-informatiques. Il conçoit des logiciels, interfaces web, applications métiers et pipelines d'analyse, administre les bases de données associées et assure leur évolution. Il applique les bonnes pratiques de développement (documentation, tests, traçabilité) et utilise les outils de gestion de versions (Git, GitLab).

2. Analyse et interprétation des données

Il analyse les données biologiques complexes, notamment issues du séquençage haut débit, dans un contexte diagnostique, pronostique, théranostique ou de recherche. Il définit les stratégies d'analyse, réalise les traitements bio-informatiques et statistiques, contrôle la qualité des données, interprète les résultats en appui des biologistes et produit les rapports d'analyse.

3. Gestion des données biologiques

Il organise, structure et sécurise les données produites par le laboratoire. Il participe à leur collecte, leur stockage, leur sauvegarde, leur archivage et leur traçabilité, administre les bases de données et ressources bio-informatiques et travaille avec les services informatiques afin de garantir la disponibilité, l'intégrité et la confidentialité des données.

4. Qualification, qualité et accréditation

Dans le cadre des activités diagnostiques, il qualifie les outils, pipelines et méthodes bio-informatiques utilisés en routine. Il rédige et maintient la documentation qualité, participe à la validation des méthodes, assure la traçabilité des versions logicielles et contribue aux démarches d'accréditation et d'amélioration continue en biologie médicale.

5. Support, accompagnement et veille

Il accompagne les utilisateurs dans l'exploitation des outils bio-informatiques, apporte un support technique, participe à la résolution des incidents et contribue à la formation des équipes. Il peut encadrer des stagiaires ou étudiants, participer à des actions de communication scientifique (présentations, congrès, publications) et assure une veille scientifique, technologique et réglementaire afin d'anticiper les évolutions des pratiques et des besoins du laboratoire.

PROFIL RECHERCHÉ :

Formations - Qualifications (Savoir ) :

Bac + 5 Bio-informatique (École d'Ingénieur, Master...) ou équivalent

Connaissances particulières (Savoir-faire ) :

- Maîtrise des principes de bio-informatique appliquée à la biologie médicale et aux données de séquençage haut débit.

- Maîtrise des environnements Linux et des outils en ligne de commande.

- Compétences en programmation et Scripting, notamment Python, Bash ou équivalents.

- Connaissance des formats standards de données biologiques : FASTQ, BAM/CRAM, VCF, BED, GFF/GTF.

- Capacité à concevoir, développer, tester, documenter et maintenir des outils ou pipelines bio-informatiques.

- Capacité à intégrer des outils existants dans un environnement de production diagnostique ou de recherche.

- Maîtrise ou utilisation de gestionnaires de workflows bio-informatiques, tels que Nextflow, Snakemake ou équivalents.

- Connaissance et utilisation des technologies de conteneurisation, telles que Docker, Singularity/Apptainer ou équivalents.

- Maîtrise des outils de gestion de versions et de collaboration logicielle, notamment Git, GitLab ou GitHub.

- Connaissance des bases de données biologiques, des bases d'annotation et des principes de gestion des données.

- Capacité à réaliser des contrôles qualité, à interpréter les indicateurs produits et à identifier les anomalies techniques.

- Connaissance des principes de reproductibilité, de traçabilité, de qualification et de validation des méthodes bio-informatiques.

- Capacité à rédiger une documentation technique, utilisateur et qualité.

- Capacité à former, accompagner et assister les utilisateurs.

- Capacité à travailler en interface avec les biologistes, cliniciens, techniciens, qualiticiens et services informatiques.

Qualités professionnelles (Savoir être ) :

- Avoir le sens de l'organisation

- Être disponible, rigoureux, réactif, précis, faire preuve de méthode et être autonome dans la prise en charge du poste de travail

- Faire preuve de qualités relationnelles pour établir aisément avec ses interlocuteurs, une relation propice à la communication, Savoir travailler en équipe.

- Respecter une très grande discrétion professionnelle conformément à un engagement de confidentialité

- Se conformer au système de management de la qualité en vigueur au sein du Pôle de Biologie-pharmacie