Assistant Ingenieur (H/F)

Mission du service / positionnement hiérarchique :
L'AI intégrera l'équipe « Dynamique des Chromosomes» de l'Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2) qui a pour objectif de comprendre comment la dynamique de la chromatine contrôle le développement des plantes et leur réponse au stress. En effet, les plantes sont des organismes sessiles qui s'adaptent constamment aux fluctuations de leur environnement. Elles ont donc acquis au cours de l'évolution une plasticité importante tant en termes de réponses physiologiques qu'en termes de développement. Les plantes forment de nouveaux organes tout au long de leur cycle de vie, et façonnent ainsi toute l'architecture de leur appareil végétatif en fonction des conditions environnementales.

Ce mode de développement particulier requiert des mécanismes assurant une régulation robuste des gènes clés du développement, ainsi que le maintien de pools de cellules souches dans lesquels les informations génétiques et épigénétiques doivent être sauvegardées et reproduites fidèlement au fil des divisions cellulaires. En effet,l'information génétique est portée par l'ADN, mais la façon dont cette information est interprétée dépend largement de l'interaction de l'ADN avec les histones dans la chromatine, et de la façon dont cette chromatine est ouverte pour permettre l'accès au mécanisme de transcription. Le dépôt de modifications post-traductionnelles sur les histones, l'incorporation de variants d'histones, la méthylation de l'ADN, les ARN non codants et la formation des boucles chromatiniennes coopèrent à l'activation ou la répression coordonnée de grands ensembles de gènes. Dans ce cadre l'équipe étudie les relations entre l'expression des gènes et l'organisation de la chromatine dans le contexte du développement des plantes et de la réponse au stress.

Missions principales de l'agent :
Le groupe Dynamique des chromosomes est à la recherche d'un AI qui utilisera des approches expérimentales pour étudier l'organisation du génome et à son influence sur la régulation de l'expression des gènes.

Profil recherché

Connaissance, savoir :
- Connaissances en génétique, biologie moléculaire, génomique et épigénétique.
- Connaissance de l'organisation tridimensionnelle de la chromatine et de ses effets sur la régulation de l'expression des gènes.
- Connaissance des principales méthodes de séquençage à haut débit : Hi-C, HiChIP, ChIP-seq, RNA-seq et analyse de la méthylation de l'ADN.
- Connaissances en biologie végétale et en organisation des génomes végétaux.
- Connaissances en bioinformatique, biostatistiques et analyse de données « omiques ».
- Connaissance des principes de reproductibilité scientifique, de gestion des données et de traçabilité des analyses.
- Maîtrise de l'anglais scientifique écrit et oral.

Savoir-faire :
- Concevoir et mettre en œuvre des stratégies expérimentales adaptées à l'étude de l'organisation du génome et de la régulation génique.
- Mettre en œuvre et optimiser des protocoles de biologie moléculaire et de génomique.
- Contrôler la qualité, traiter et analyser des données issues du séquençage à haut débit.
- Utiliser les environnements Linux et les ressources de calcul à haute performance.
- Programmer et automatiser des analyses, notamment avec R, Python et/ou Bash.
- Intégrer et interpréter des données multi-omiques.
- Présenter, valoriser et communiquer les résultats sous forme de rapports, publications scientifiques et présentations orales.

Savoir-être : -
Rigueur scientifique, sens de l'organisation et respect des bonnes pratiques de laboratoire.
- Autonomie, esprit d'initiative et capacité à gérer les priorités.
- Curiosité scientifique, esprit critique et capacité à résoudre des problèmes complexes.
- Capacité à travailler en équipe enterlocuteurs. - Adaptabilité, persévérance et respect des délais.